В фекалиях человека нашли антибиотики будущего
Международная группа ученых создала новый вычислительный метод для поиска циклопептидов — класса веществ, в который входят многие известные антибиотики. А вот среду для поиска исследователи выбрали весьма необычную… Международная группа ученых под руководством Павла Певзнера, руководителя лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, создала новый вычислительный метод для поиска циклопептидов — класса веществ, в который входят многие известные антибиотики. С помощью подхода, названного CycloNovo, ученые проанализировали масс-спектры образцов человеческого кала и нашли там 79 возможных кандидатов на роль убийцы бактерий. Результаты исследования опубликованы в престижном научном журнале Cell Systems.
Когда мы говорим об антибиотиках, то в первую очередь думаем о лекарственных препаратах, которые можно купить в аптеке. Однако антибиотики — это прежде всего микроскопические пули, которыми бактерии убивают друг друга. Люди попросту взяли и адаптировали часть из этих биологически активных веществ для своих нужд — борьбы с инфекциями. Так как возможностью производить подобные вещества обладают разнообразные микроорганизмы, возникает вопрос: а могут ли и бактерии, обитающие в нашем кишечнике (которых насчитывают до тысячи различных видов) производить антибиотики?
В поисках ответа на этот вопрос международная группа ученых под руководством Павла Певзнера, руководителя лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, профессора Калифорнийского университета в Сан-Диего (UCSD) и одного из ведущих специалистов в области биоинформатики, создала новый вычислительный метод для поиска циклопептидов — фармакологически важного класса веществ, включающего в себя много известных антибиотиков, противоопухолевых соединений и иммунодепрессантов. Циклическая структура подобных молекул, с одной стороны, придает им важные физико-химические свойства, позволяющие использовать их в качестве лекарственных препаратов, а с другой — значительно усложняет их обнаружение в исследуемых учеными природных образцах.
Начиная с грамицидина С, открытого советскими учеными Георгием Гаузе и Марией Бражниковой в 1942 году, до настоящего времени было найдено и описано всего порядка 1200 циклопептидов. Трудности обнаружения подобных веществ и определения их строения приводят к тому, что работа по открытию каждого нового соединения растягивается на долгие годы. Прорывы последних лет в области биотехнологии и биоинформатики приблизили нас к появлению гораздо более быстрого способа нахождения неизвестных прежде циклопептидов. Так, статья группы Певзнера, недавно опубликованная в престижном журнале Cell Systems, описывает сразу более 400 новых циклопептидов. Для их выявления команде ученых потребовалось всего несколько дней работы их нового алгоритмического подхода, названного CycloNovo, на вычислительном кластере. За это время был обработан гигантский объем экспериментальных данных из образцов микробов и растений, полученных ранее другими учеными и выложенных в открытый доступ в надежде на появление соответствующих алгоритмов обработки.
CycloNovo анализирует выходные данные современных высокоточных масс-спектрометров — крайне чувствительных «молекулярных весов», которые разбивают молекулы на небольшие фрагменты и измеряют их массу. Путем анализа масс молекулярных фрагментов CycloNovo определяет, какие именно масс-спектры соответствуют циклопептидам, а не стандартным линейным соединениям, и затем выявляет их структуру — аминокислотную последовательность. Всю эту процедуру можно сравнить с поиском иголки в стоге сена. И несмотря на то, что подобная вычислительная задача встала перед наукой уже более десяти лет назад, полноценно решить ее удалось только сейчас. Любопытно, что предложенный алгоритм напоминает подход, используемый для решения задачи сборки генома, — совершенно другой области биоинформатики, в которую Центр алгоритмической биотехнологии также внес весомый вклад.
Первые же применения CycloNovo к реальным данным продемонстрировали его прикладную значимость как инструмента в руках ученых-биологов и уже успели привести к интересным с медицинской точки зрения результатам. Так, при помощи программы были проанализированы масс-спектры полученных образцов человеческого стула, которые профессор Ларри Смарр, один из соавторов статьи, собирал в течение четырех лет. В них было неожиданно обнаружено большое количество циклопептидов, свойственных семенам льна, а вовсе не бактериям, входящим в микробиоту человека. Этот факт, на первый взгляд, ставит под вопрос корректность работы алгоритма и всего исследования в целом. Однако вскоре выяснилось, что Смарр употреблял льняное масло в рамках своей диеты, а дни употребления точно совпадают с датами, в которые собирались соответствующие образцы. Таким образом, впервые было наглядно продемонстрировано, что циклопептиды из пищи могут сохранять свою структуру при прохождении через неблагоприятную среду человеческого желудка и кишечника. Вполне вероятно, что именно циклопептиды — основной фактор, объясняющий антимикробную активность семян льна. Другим немаловажным результатом данного эксперимента стало то, что циклопептиды семян льна — это всего лишь несколько представителей из сразу 79 циклопептидов, обнаруженных CycloNovo в исследуемых образцах стула. Определение их биологической значимости и функций представляет собой отдельную задачу, над которой уже ведется работа в содружестве с медиками и биологами. Планируется, что к существующему анализу будут добавлены различные подходы к обработке дополнительных видов данных, полученных из человеческого микробиома.
Помимо Павла Певзнера в работе участвовали молодые ученые СПбГУ Андрей Пржибельский и Алексей Гуревич. «Точный и быстрый алгоритм — это залог успеха биоинформатического инструмента. Однако это не единственная его составляющая. Крайне важно, чтобы созданной программой было легко пользоваться. Только в этом случае она будет востребована научным сообществом и принесет реальную пользу. Как и в наших прошлых проектах по созданию инструментария для поиска антибиотиков и других биологически активных веществ, мы сделали CycloNovo максимально удобным даже для ученых с минимальным уровнем компьютерной грамотности. Программу можно запустить буквально в пару кликов мышки, а результаты работы посмотреть прямо в вашем интернет-браузере, и ничего дополнительно устанавливать на свой компьютер не придется», — отмечает Андрей Гуревич, кандидат физико-математических наук и руководитель направления Natural Products Discovery в Центре алгоритмической биотехнологии.
Вместе с Певзнером, Гуревичем и Пржибельским в работе над CycloNovo принимали участие Бахар Бехсаз (аспирант UCSD), сотрудники UCSD Фернандо Варгас и профессор Ларри Смарр, профессор Хосейн Мохимани из Университета Карнеги-Меллона (США), а также доктор Джошуа Милн и его аспирант Марк Фишер из Университета Западной Австралии. Проект был финансово поддержан грантами Российского научного фонда, UCSD, национальных институтов здравоохранения США, Австралийского совета по исследованиям и Правительства Австралии.
Источник
Последние аномальные новости

Ведьму арестовали за неосторожное обращение с огнем

Вода сохранялась в марсианском кратере намного дольше

Вторжение яйцевидных НЛО в окрестностях Левелленда

Голубые сверхгиганты образовываются из слияния двух звезд

Домашние роботы со здравым смыслом

Есть места, куда сталкеры боятся ходить

Жизнь можно обнаружить в отдельном инопланетном зерне

Инопланетяне приглядывают за атомными станциями Индии

Как и когда можно увидеть дьявольскую комету

Люди скоро превратяться в Боргов

Миссия по сбору ресурсов с астероида Апофис

НЛО замечен над атомной станцией в Тамилнаду

Обнаружен потенциально обитаемый водный мир

Планетарный каннибализм распространен среди звезд

Половина всех менеджеров стремятся заменить работников ИИ

Полупроводниковые волокна для одежды людей

Рождение и смерть гигантских звезд

Тайна врат в Ад Иераполиса

Темная материя может образовывать звезды

Элитные коммандос обнаружили НЛО

Жители острова Пасхи посещали Южную Америку

Загадка образования первых галактик

Загадочный проект 'Синий луч' в действии

Замаскированный НЛО замечен над Португалией

Изучение экзотических звездных явлений

Космический телескоп распутал историю нашей галактики

Марсианский вертолет мог бы стать бортовым геологом

НЛО замечен над Южной Африкой

НЛО летают над атомными электростанциями Индии

Новый троянский астероид нашли на орбите Марса

Обнаружены четыре новых экзотических белых карлика

Понимание коррозии позволяет создавать новые металлы

Сверхмассивная черная дыра не оправдывает ожиданий

Секреты пояса Ван Аллена раскрыты

Стареющие коричневые карлики становятся одинокими

Таинственный свет в небе над Сан-Антонио

Темная материи поможет понять эволюцию галактик

Уфологи могут научить нас политической паранойе

Элитные коммандос захватили НЛО

Японский летчик-истребитель рассказал о НЛО

Бигфут и сасквоч - инопланетные гибриды

Выявили лучшие места в США для обнаружения НЛО

Инопланетяне дали нам план Стоунхенджа

Инопланетяне используют невероятные технологии

Культурная площадь в Розуэлле примет уфо-фестиваль

НЛО вблизи ядерных установок ставят экспертов в тупик

НЛО замечен над поверхностью Луны

Оборона землян будет быстро подавлена инопланетянами

Общественный колледж Портленда предлагает курс по НЛО

Одна из дюжины звезд поедает свои планеты

Официальные лица США ничего не знают о НЛО

Планетологи пытаются оценить толщину льда на Европе

Поиски обломков рейса MH370 дали новую надежду

Пришло время изучить лунные лавовые трубки

Самые паранормальные места в Нью–Йорке

Строительные блоки жизни стабильны в условиях Венеры

Уинстон Черчилль скрывал информацию об НЛО

Уфологи устремились на юг Франции

Фестиваль НЛО пройдет в апреле в Эдинбурге

Шведский архив регистрирует паранормальные явления

Автокресло

Влияние накрутки реакций в Telegram на контентную стратегию. Анализ и рекомендации

Астрофизики дадут подсказку в поисках темной материи

Более 1500 наблюдений НЛО над Великобританией за 4 года

Британский взгляд на внешность инопланетян

В Великобритании замечено почти 2000 наблюдений НЛО

ИИ ChatGPT является очень эффективным инструментом

Как были сделаны татуировки ледяного человека Эци

Как, по мнению британцев, выглядят инопланетяне

Китай может начать атаку на США с Луны

Китай строит ядерный космический двигатель

Люди изменили свои суждения под воздействием ИИ

Наблюдения НЛО в районе Тиссайда

Наблюдения НЛО над Ноттингемширом за последние три года

Намеки на третью планету системе PDS 70

Начались продажи электрических летающих такси

Нашли одну из древнейших звезд

Один астероид создал более 2 млрд вторичных кратеров

Пентагон усердно скрывает информацию об НЛО

Плавающие кристаллы замедляют старение звезд

Планетарная геофизика поможет в поиске инопланетян

Последние наблюдения НЛО в Лестершире

Почему миллиардеры по всему миру строят бункеры

Рентген показал каменного младенца внутри женщины

Робот, который выполнил сальто назад без гидравлики

Сбитый с толку астроном заметил НЛО над Луной

Следующий имплант Neuralink подарит зрение слепым

Собираются создать лунную железную дорогу

Создали импульсный двигатель на водяном топливе

У людей с гаванским синдромом не выявили повреждений мозга

Флотилия НЛО замечена над горой Шаста

Эра ИИ наступит быстрее, чем мы думали

Анализ может привести к изменению парадигмы о НЛО

Более 1500 наблюдений НЛО над Англией за 4 года

В Башкирии заметили падение с неба светящегося шара

Вампиршу XVI века похоронили с кирпичом в зубах

Детей из Зимбабве мучает полтергейст

Екатеринбуржцы увидели НЛО в облаках над городом

Жительница Эдинбурга заметила дискообразный НЛО

Загадка Безумного камня

Йог 22 года медитирует на жутком холоде

Как мы будем с ними разговаривать с инопланетянами

Легендарная подземная школа чернокнижников

Мы увидим полностью созданные ИИ игры через 5-10 лет

Наблюдения НЛО в Англии с 2020 года

Наблюдения НЛО над Мерсисайдом

Наркомана убила статуя Будды

НАСА обнаружит жизнь на Европе к 2030 году

Нечто с длинной шеей попал на камеру наблюдения

НЛО пролетает над поверхностью Луны

НЛО сбили в бразильском городе Пау Гранде

Новые изображения дьявольской кометы

Новые необычные наблюдения НЛО в районе Ковентри

ООН приняла эпохальную резолюцию по ИИ

Полемика вокруг загадочных сферул не утихает

Процедуры отчетности о НЛО и утилизации материалов

Рост числа государственных служащих-роботов

Самые реалистичные сценарии Апокалипсиса

Ужасающее заболевание - синдром лица демона

Что предсказал Нострадамус России

Штаты США, где вы будете похищены инопланетянами

Эволюция мозговых чипов

Бетти Андреассон провела у пришельцев несколько часов

Где в США лучшее место, чтобы увидеть НЛО

Загадочный космонавт Солуэй Ферт

Интерактивная карта НЛО в Великобритании

Истинно верующие атаковали бывшего главу AARO

Историческая уфологическая хроника

Лучшее место для встречи с инопланетянами

Не ждите правды от правительства США о НЛО

Несколько НЛО были замечены над Орегоном

Нефтянник заметил НЛО в форме тарелки

НЛО заметили в штате Миннесота

НЛО над фермой в Орегоне

НЛО украл шесть дней из жизни Трэвиса Уолтона

Офицер полиции Лонни Замора заметил НЛО

Парень заметиил НЛО прежде чем они растворились

Первая трансплантация ГМ-почки свиньи пациенту

Похищение Бетти и Барни Хилл одно из самых странных

Сексуальные эксперименты инопланетян над землянами

Тайна наблюдений НЛО вблизи ядерных объектов

Уфологи терроризируют бывшего директора AARO

Азиатская Зона 51 проводит фестиваль

Астероид изменил форму после удара зонда землян

Вы когда-нибудь сталкивались с инопланетянами в Айдахо

Изменяющий форму НЛО замечен над Бирмингемом

ИИ комментирует теории заговора о Кеннеди

ИИ может заменить умерших близких людей

ИИ становится волком с Уолл-стрит

Масштабная уфо-конференция все ближе

Модель Эбби Клэнси боится инопланетян

Нашли лучшее место для наблюдений НЛО в США

НЛО в форме тарелки парил над нефтяной вышкой

Одержимая женщина помочилась черным

Пациент Neuralink с параличом конечностей играет в шахматы

Похищение в Паскагуле покажут на Netflix

Почему так много людей все еще верят в НЛО

Сверхпроводимости при комнатной температуре не существует

Уфологи собрались у офиса Чака Шумера в Нью-Йорке

Уфологи устремились в тихий город Лимож

Уфологическая неделя на британском ТВ

Я вырос, мучимый злыми демонами, теперь я экзорцист

Быстрые займы онлайн

Аватар никогда не будет лгать или будет

Адмирал ВМС видел секретные файлы об НЛО

Водород обеспечивал энергию при зарождении жизни

Высокоскоростная камера зафиксировала полет НЛО

Добровольцы обнаружили 15 редких активных астероидов

Инопланетяне более чем реальны

Как Земля остается пригодной для жизни

Может ли земная жизнь выжить у красного карлика

Наблюдения НЛО в Арканзасе

Нам следует изучать на неопознанные подводные объекты

Нейтринный фон мог бы многое рассказать нам о Вселенной

Нехватка воды приводит к образованию кругов фей

НЛО замечен над Лас-Вегасом и горой Спирит

Оператор нефтяной вышки заметил НЛО

Опубликована карта активных черных дыр

Песчаные дюны Титана состоят из разбитых маленьких лун

Сколько времени потребуется, чтобы обойти Марс

Таинственные звери Японии. Жуткие ползающие твари

Тайна сознания. Чего может достичь наука

Уфо-конференция стоимостью 160 фунтов за билет

Британский спецназ обнаружил сбитый НЛО

Воспроизвели самую раннюю форму жизни в лаборатории

Где замечали рейс MH370 на картах Google

Подписка на новости
Наверх
Яндекс.Метрика