Местами, где могут располагаться базы НЛО, обычно называют Луну, особенно ту её сторону, которую не видно с Земли, а также другие планеты и их спутники. И это варианты логичны, ведь позволяют находиться недалеко от цели наблюдения — людей, — и в то же время не дают быть обнаруженными. Но по мнению некоторых уфологов, спутник, инопланетяне прячутся гораздо ближе, чем предполагается, а именно, под водой. Исследована лишь малая часть океана, а потому вполне можно допустить такую вероятность. Впрочем, не только океаны могут служить пристанищем для инопланетных кораблей — по свидетельствам очевидцев, базы НЛО расположены даже в озёрах.
Впервые такое предположение появилось в начале 1970-х годов, когда были замечены неоднократные погружения загадочных кораблей в воды озера Кри, что находится в Канаде. После того, как туда упал достаточно крупный неизвестный объект, было принято решение об подводном обследовании с помощью приборов. Было совершено несколько попыток спустить аппараты на дно озера, но они все выходили из строя через некоторое время, из-за чего загадка летательных объектов так и не была решена.
Другая предположительная база — озеро Гаипо, расположенное в Аргентине. В его окрестностях довольно часто наблюдаются НЛО, о которых даже сложились предания у местных индейцев. По их словам, таинственные летающие объекты — не что иное, как форма колдунов, которую они принимают, когда приступают к охоте за людьми. Эта легенда весьма напоминает сообщения о многочисленных похищениях людей инопланетянами. В России несомненным лидером по числу различных мистических историй является озеро Байкал. Регулярно поступают сообщения об увиденных НЛО как поблизости от него и направляющиеся в сторону озера, так и непосредственно над водой; объекты были пойманы даже в момент их погружения.
В 1977 году на Байкале проводились океанологами подводные исследования. На глубине немногим более километра для измерения уровня проходящего сквозь толщу воды солнечного света было выключено освещение. Однако исследователей ещё около минуты продолжал освещать необнаруженный источник, и лишь когда он погас, наступила темнота. А в 1982 году произошёл ещё более любопытный случай, в который сложно поверить. Исследовавшие озеро военные водолазы на глубине 40 метров обнаружили существ высотой около трёх метров, облачённых в подобие гидрокостюмов и имеющие на голове снаряжение, напоминающее шлем. Они были заняты собственной работой и не проявили никакой реакции на посторонних. О встрече доложили руководству, которое решило поймать неизвестных. Но при попытке набросить сеть на существо оно отреагировало, применив большую силу, из-за чего водолазы буквально "взлетели" на поверхность. Из-за слишком быстрой смены разницы давления трое из них погибли, а ещё четверо получили инвалидность.
