Установлен рекорд скорости расшифровки ДНК
|
В блоге NVIDIA вышла запись о рекордном по скорости секвенировании ДНК. Геном пациента удалось полностью расшифровать за 5 часов и 2 минуты. До этого подобные операции требовали дней и даже недель. Наука доказала, что вплотную приблизилась к возможности расшифровывать генетическую информацию едва ли не в режиме реального времени, что позволит бороться с заболеваниями и спасать жизни людям. Сообщается, что рекорд был установлен исследователями из Стэнфордского университета при участии NVIDIA, Oxford Nanopore Technologies, Google, Медицинского колледжа Бейлора и Калифорнийского университета в Санта-Круз. Сам эксперимент был проведен больше месяца назад при секвенировании ДНК 12 пациентов. Статья о работе вышла на днях в журнале The New England Journal of Medicine. Официальное утверждение рекорда также состоялось на днях в Инженерном центре Стэнфордского университета имени Дженсена Хуанга (Jensen Huang), названном в честь основателя и генерального директора NVIDIA, выпускника Стэнфорда. |
Исследователи добились рекордной скорости благодаря оптимизации каждого этапа рабочего процесса секвенирования. Они использовали высокопроизводительное нанопоровое секвенирование на проточных ячейках PromethION компании Oxford Nanopore для получения более 100 гигабаз данных в час (гигабаза — это один миллиард нуклеотидов), а также ускорили поиск оснований и вариантов с помощью графических процессоров NVIDIA в Google Cloud. Для пятерых пациентов секвенирование ДНК прошло в течение обычного рабочего дня (за 7–8 часов), а для одного заняло рекордно короткое время в 5 часов и 2 минуты. «Я думаю, мы единодушны в том, что это не что иное, как чудо, — сказала Кимберли Пауэлл (Kimberly Powell), вице-президент по здравоохранению в NVIDIA. — Это достижение, которое войдет в книги истории и вдохновит еще 5–10 лет фантастической работы в революции цифровой биологии, в которой геномика занимает ведущее место». |
Источник |
При использовании материалов с сайта активная ссылка на него обязательна
|